El Hospital San Rafael, que es el origen de esta institución, se inauguró en Mayo de 1891 y su creación se debió a los miembros de la sociedad “La Caridad” en Santiago. Esta sociedad se formó alrededor de 1686.

En la primera planta está ubicada la dirección, oficinas administrativas, departamento de mantenimiento, farmacia, cocina, cafetería, morgue, departamento de costura, docencia médica y archivos. Una segunda planta donde están los consultorios para Estomatología, Consulta Externa, Rehabilitación, rayos X, salas de emergencias, auditorio, salón para oficios religiosos, departamento de Psiquiatría, departamento de trabajos sociales, etc.
Hay un magnífico laboratorio en el extremo este. La tercera planta está habilitada para maternidad; la cuarta planta para áreas quirúrgicas, ortopedia, neurocirugía.

La quinta planta para Medicina Interna y demás sub-especialidades. En la sexta planta se encuentra el Centro de Cardiología.